100年前，沙漠之都——迪塞尔市因为宝可梦之间的战斗而遭受严重破坏。那场战斗的起因是由于一只精灵宝可梦的存在。
但是，这只精灵宝可梦后来被某人封印了，现在的城市也找回了曾经的平静……
在小智与皮卡丘一行人的旅途中，他们遇到了持有可以召唤万事万物的光轮的幻之精灵宝可梦胡帕，以及照顾它的少女麦雅丽。喜欢恶作剧的胡帕用那个不可思议的圆环取出最喜欢的甜甜圈以及各种东西让大家大吃一惊，并且乐在其中。
天真无邪的胡帕称呼小智和皮卡丘为“小~智智”和“皮~卡卡”。完全成为好友的胡帕与小智一行人一起踏上旅途。
一到迪塞尔市，众人就遇到了麦雅丽的哥哥巴尔扎，但是巴尔扎的样子却很奇怪。仔细一看，发现他手中握有封印了曾经破坏城市的某只精灵宝可梦的道具监狱之瓶！
一股邪恶的气息从瓶中溢出，成为一个巨大的影子。影子逐渐展现的真身，那便是胡帕原本“被分离的姿态”——“超胡帕”！
无论如何也想不到，100年前发生暴动的宝可梦的元凶正是超胡帕。
瓶中封印的是胡帕原本的力量，那个强大的力量在漫长的岁月里，逐渐变为“愤怒”，最终凝结成为黑影以超胡帕的形态复苏！
被解放的超胡帕开始暴走，从6个圆环里召集传说中精灵宝可梦：原始古拉顿、原始盖欧卡、迪奥鲁加、帕鲁基亚、基拉帝纳还有丘雷姆！
再这样下去，城市危在旦夕……
胡帕为了守护城市，用圆环“邀请”新的传说中的精灵宝可梦！
名副其实的【传说vs传说】！
这场战斗使得大地开裂、大海分离、空间也变得扭曲！
小智一行人与胡帕“邀请”来的传说精灵宝可梦一同作战，他们能够守护这个迪塞尔市吗！？
还有，胡帕与超胡帕的战斗将如何收场！？
精灵宝可梦电影史上最壮烈的对决将在此展开！